Неотъемлемой составной частью научно - организационной деятельности РЦЭИ является проведение научных конференций, сессий и семинаров.

Значительным явлением в научно-организационной деятельности РЦЭИ в 2002 г. было проведение Региональной научно-практической конференции «Северный Кавказ и Дагестан: современная ситуация и пути её стабилизации», посвященной 10-летию РЦЭИ ДНЦ РАН (2003 г.);
проведение Региональной научной конференции «Этнополитические исследования на Северном Кавказе: состояние, проблемы, перспективы». В том же году РЦЭИ совместно с Комитетом Правительства РД по делам религий и Министерством по национальной политике, информации и внешним связям была проведена Северокавказская научно-практическая конференция «Взаимодействие государства и религиозных объединений: современное состояние и перспективы». В 2004 г. была проведена Региональная научная конференция «Народы Северного Кавказа в диалоге культур и цивилизаций». 

В рамках международного сотрудничества 25-27 мая 2004 г. в Москве прошла Международная научная конференция «Многоэтничные сообщества в условиях трансформаций: опыт Дагестана», организаторами которой выступили Российская академия наук, Национальная академия наук США и Дагестанский научный центр в лице Регионального центра этнополитических исследований. Основными докладчиками на конференции были дагестанские ученые, их выступления дополнялись московскими и зарубежными коллегами.

Совместно с Институтом истории, археологии и этнографии Региональный центр этнополитических исследований 26-27 апреля 2005 г. провел международную научную конференцию, посвященную 60-летию Победы в Великой Отечественной войне «Народы Кавказа в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Сотрудники РЦЭИ принимали непосредственное участие в организации Региональной научно-практической конференции по проблеме формирования и развития гражданского общества в Республике Дагестан, проведенной в 2005 г. Народным собранием РД. Также принимали активное участие в подготовке и проведении Всероссийской научно-практической конференции «Актуальные проблемы противодействия религиозно -политическому экстремизму», проведенной 6 июня 2007 г. Аппаратом полномочного представителя Президента РФ в Южном федеральном округе, Администрацией Президента и Правительства Республики Дагестан. Сотрудники РЦЭИ участвуют в конференциях, круглых столах, проводимых региональным общественным благотворительным фондом им. Шейха Абдурахмана-Хаджи Согратлинского, публикуя свои доклады в информационном бюллетене фонда «Наше культурное наследие» и в журнале фонда «Мысль», а также принимают активное участие в многочисленных конференциях, проводимых вузами республики. 

В 2006 г. РЦЭИ ДНЦ РАН были проведены Всероссийские научно -практические конференции «Ислам на Северном Кавказе: история и современность» и «Национальные интересы и национальная политика на Юге России: приоритеты и перспективы». В 2007 г. проведены две Всероссийские научные конференции «Проблемы сохранения толерантности в условиях полиэтничного и многоконфессионального региона» и «Этнополитическая безопасность Юга России в условиях глобализации».

В 2008 г. проведены две региональные и одна республиканская конференции «Северный Кавказ в современной геополитике России» (25.09.08 г.), «Религии и религиозные объединения как фактор гражданского мира и межнационального согласия на Северном Кавказе» (19.11.08 г.), «Патриотическое воспитание молодежи Дагестана» (29.11.08 г.)

Помимо проведения конференций Центр неоднократно организовывал книжные выставки изданных трудов своих сотрудников, способствующих расширению возможностей по доведению имеющихся научных разработок до заинтересованных лиц. Одновременно значительное внимание уделялось мероприятиям, способствующим популяризации политологических и социальных знаний. Сотрудники РЦЭИ постоянно выступают в местной периодической печати, на радио и телевидении. 

Научный коллектив Центра активно участвует в различных научных мероприятиях ДНЦ РАН и других научно-исследовательских организации, вузов республики и т.д.