Наряду с фундаментальными исследованиями Региональным центром этнополитических исследований проводились инициативные исследования на внебюджетной основе. Они осуществлялись при финансовой поддержке различных научных фондов путем получения грантов.

Среди грантов можно отметить следующие научные исследования:

 - проект «Ключевые проблемы геополитики на современном этапе и геополитические интересы России на Северном Кавказе» при поддержке РГНФ (2002 г.);

 - проект «События в Чечне и Дагестан: последствия и исторические уроки» при поддержке РГНФ (2002 г.);

 - проект «Миротворчество и традиции народной дипломатии на Северном Кавказе» при поддержке федеральной целевой программы «Интеграция науки и высшего образования» (2003 г.);

 - проект «Религиозно-политический экстремизм на северном Кавказе. Этноконфессиональная толерантность» при поддержке Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Этнокультурное взаимодействие в Евразии» (2003-2005 гг.);

 - проект «Трансформационные процессы в социальной структуре республик Северного Кавказа» при поддержке Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Этнокультурное взаимодействие в Евразии» (2003-2005 гг.);

 - проект «Формирование толерантности и культуры мира в сложном полиэтноконфессиональном регионе (на примере Республики Дагестан)» при поддержке РГНФ (2006-2007 гг.);

- проект «Этноконфессиональная толерантность как один из факторов стабильности северокавказского социума» при поддержке Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Адаптация народов и культур к изменениям природной среды, социальным и техногенным трансформациям» (2006-2008 гг.);

 - проект «Этнополитическая стабильность Юга России в условиях глобализации» при поддержке Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Адаптация народов и культур к изменениям природной среды, социальным и техногенным трансформациям» (2006-2008 гг.);

 - проект «Образ России и русских в общественном сознании горцев Северного Кавказа: история и современность» при поддержке РГНФ (2008 г.);

 - проект «Создание геоинформационной системы терроризма на Юге России» в рамках Программы фундаментальных исследований Президиума РАН по Югу России (2009 г.)